多起恶性刺杀事件让CIA重新审视已经失踪的伯恩的档案，于是派遣了派遣帕梅拉-兰迪去收拾局面，开启柏林行动。

        当然，柏林行动的真正原由其实不在于伯恩，而在于7年前，CIA有一笔2000万美元的钱款在经过莫斯科电汇的过程中不翼而飞，在随后的调查中，一名叫佛拉迪米尔-奈斯基的北极熊外交官与CIA联系，称有人泄密，钱被CIA内部的人吞掉了。当CIA的人要和奈斯基在柏林见面时，奈斯基却被杀了，CIA调查后对外宣称奈斯基是被妻子所杀。其实是被伯恩在受训后的第一次秘密任务中暗杀掉了。伯恩的第一次任务是他的上司康克林指挥的，也就意味着康克林是吞掉钱的策划人之一，杀掉奈斯基是消灭证人，不过康克林在最后也被他的上司真正吞钱的内鬼沃德派去的杀手杀掉，沃德是踏脚石计划的主管。

        柏林行动的真正目的是想要挖掘背后的黑手。

        先前所言的CIA秘密交易，就是有一个柏林的北极熊人称有奈斯基被杀的证据，如果CIA想要证据就必须拿钱买证据，就在交易时，这两个人被一名北极熊特工制造的断电黑暗中杀掉，把钱也拿走了，并故意留下伯恩的指纹意图嫁祸于伯恩。因为伯恩失忆，任务也搞砸了，CIA根本不清楚真相，以为都是伯恩的错，这样嫁祸给伯恩也不会有人怀疑，一举两得。

        其实，这个北极熊特工是为一个名叫格列特科夫的北极熊石油大亨工作，这个格列特科夫就是和沃德合作吞掉CIA大笔资金的外应，之所以杀证人、拿走买证据的钱就是为了掩盖事实。

        对于CIA而言，杀手伯恩再厉害，不过是个苍蝇，透过伯恩找到其背后的大老虎才是真正重要的事情。

        CIA虽然家大业大，但2000万美元放在哪儿都不是一个小数目，更何况这种大胆而贪婪的内部人员用着也不放心。

        而在伯恩的视角，经过刚刚失去腥风血雨之后，伯恩和自己的女友化名隐身在印度一个偏僻遥远的海滨小镇。虽然伯恩不愿意回视过去，但“过去”却一直都在追随着他。

        有杀手潜入小镇，意图杀他，可惜却误杀了伯恩的女友的玛丽。

        复仇的怒火让伯恩重新燃起斗志。

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