以前新疆是军事管制状态，没有设省，只设将军。为了能更加强有力的控制住新疆，李明峰上奏朝廷，要求改变新疆的制度，将新疆设省。李明峰提议取消伊犁将军，设新疆行省，以后新疆军民政务当由新疆巡抚来统领。

        这样一来，朝廷就直接插手了新疆的民务，这会导致当地回王的权势暴减。这种改革，换在任何一个时候都会引起回王势力的强力反弹，但是现在不同，这帮回王连小命都保不住了，哪里还有能力和李明峰对抗？

        至于吐鲁番回王、哈密回王这些忠于朝廷的家族，虽然心有不甘，但是也不敢公然和李明峰对抗。而且李明峰也对伯锡尔表示过了，会尽量维护他的家族利益，这也让伯锡尔放心不少。

        新疆建省，也是朝廷一直以来的追求，但是地方势力太强，这个制度一直无法实行，李明峰既然主动要承担这个任务，朝廷一定会赞同的。剩下的就是具体的建省事务问题了，包括政治区划、治所安排，官吏配置等等。

        本来新疆的治所是在伊犁，但是伊犁现在处于俄罗斯的控制之下，李明峰虽然不肯放弃伊犁，但是老李也不想通过武力来解决伊犁问题。现在看来，短期内伊犁还是难以收回的，所以新疆省的治所就要换一个地方了。于是老李就上奏，请求将新疆的治所从伊犁迁徙到迪化。

        于此同时，李明峰还保举了一系列的官员来充任新疆战后的官职。新疆是李明峰一刀一枪打下来的，现在也完全掌握在常胜军手中，朝廷无论是出于公道，还是出于实际分析，都没有拒绝李明峰人事安排的理由。

        李明峰和伯锡尔经过多次的商议，决定根据地理、民俗、历史等各种因素，将新疆省分成哈密府、吐鲁番府、迪化府、阿克苏府、喀什噶尔府、乌什府等六府。新疆巡抚，李明峰是保举陈星翰出任，下面的六个知府和同知等官，一部分由这次立有战功的常胜军中级将领担任，一部分是由这次战争中表现良好的回王家族派人担任。

        伯锡尔功劳最大，忠于朝廷，所以他的残疾长子迈哈默特被任命为新疆布政使，总管新疆全省民务。哈密的知府、同知也由伯锡尔的侄子担任。

        这样一来，不但哈密仍然是被伯锡尔家族所掌握，而且伯锡尔家族还有机会管理全新疆的事务。从权力分部上看，哈密回王家族确确实实的成了新疆第一家族。

        毒死阿古柏的布加罗此战有功，李明峰将事情的经过据实上奏，请求封布加罗为贝勒、贝子之类的荣爵，并请封布加罗为喀什噶尔领主。雷扎伊也是类似，被李明峰请封为喀什老城的城主。

        现在的回王领主和以前可不同了，新疆建立行省之后，领主的权力将会大幅下降，基本上比内地的大地主强不上太多。

        李明峰详细的界定了地方官和地方领主之间的权力关系，领主的特权几乎全被剥夺，只是享有比较高的政治待遇和大片的良田罢了。现在的回王权力和阿古柏入侵新疆之前完全不可同日而语。

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