原因是当时驻兵在旅顺口的黄龙，跟耿仲明是死对头。

        耿仲明有个亲弟弟叫耿仲裕，在黄龙奉朝廷旨意前去东江镇出任总兵官以后，他因不服从黄龙的约束和命令，多次受到黄龙的处罚。

        在一次东江军闹饷事件中，耿仲裕率军包围了黄龙的衙署，出其不意地扣押了黄龙这个总兵官并对黄龙百般折磨羞辱。

        然而黄龙能够出任东江镇的总兵官，那也不是白给的，他也有一批自己的死忠将领，比如尚可喜，就是其中的一个。

        所以黄龙被闹饷的耿仲裕所部扣押的消息传出之后，尚可喜率军前来解救，不仅击败了耿仲裕的兵马，救出了黄龙，而且还抓住了带头挑事的耿仲裕。

        死里逃生的黄龙，自然不可能放过耿仲裕，于是不顾耿仲明的请托说情，很快就下令将耿仲裕斩首示众。

        就这样，耿仲明与黄龙以及黄龙心腹部将尚可喜之间的仇恨，就深深结下了。

        此后，耿仲明深感自己在黄龙治下的东江镇没有前途，就跟着孔有德渡海去了登莱，投靠了孙元化。

        再后来，到了崇祯四年冬，祖大寿数万辽东精锐被围在大凌河城，崇祯皇帝抽调天下兵马前去解围，远在登州的孔有德所部人马也接到了命令，要开赴辽西作战。

        孔有德所部东江兵马本就桀骜不驯，军纪就差，恰逢此次朝廷征调他们开赴辽西，又没有事先解决好粮饷补给问题，结果行军至吴桥时，发生了兵变，史称吴桥兵变。

        吴桥兵变发生后，孔有德自然不敢往北行，于是率部回师登州，此时身为登莱巡抚孙元化中军副将的耿仲明，竟然在登州城内当了叛军的内应，使登州城一举落入叛军之手。

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