公元3－7世纪，这里建立了一些分散的封建王国。

        有记载的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世纪中叶~1293年，存在于苏门答腊岛上的一个古代王国。），后被麻喏巴歇征服。

        控制马六甲海峡的新柯沙里王国（1222~1292年），印度尼西亚古国。以爪哇东部卡威山以东为中心，后扩展至加里曼丹岛西南部、马鲁古群岛、巴厘、苏门答腊南部及马来半岛的彭亨。

        华国元朝建立以后，新柯沙里曾与之建立友好关系。

        1289年元世祖遣使要求格尔塔纳加拉，亲自或派王室成员来华国朝觐，遭拒绝，且使臣受到黥面之辱。

        1292年底元世祖派军远征爪哇，引发了元爪战争，之后王室借助元朝军队在爪哇建立了印尼历史上最强大的麻喏巴歇封建帝国（1293~1478年）。

        15世纪，葡萄牙、西班牙和英国先后侵入。

        1596年荷兰侵入，1602年成立具有政府职权的“东印度公司”（成立于1602320，1799年解散。），1799年底改设殖民政府。

        荷兰东印度公司是第一个可以自组佣兵、发行货币，也是第一个股份有限公司，同时也是世界上第一个特大公司，并被获准与其他国家定立正式条约，并对该地实行殖民与统治的权力。

        荷兰东印度公司在爪哇的巴达维亚（今印尼的雅加达）建立了总部，其他的据点设立在东印度群岛、香料群岛上。

        到了1669年时，荷兰东印度公司已是世界上最富有的私人公司，拥有超过150艘商船、40艘战舰、五万名员工、与一万名佣兵的军队，股息高达40，公司遗址为现今阿姆斯特丹大学。

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