进入翰林院之前，蔡元培只是一个典型的忠孝节义式的传统知识分子，但国家的惊天之祸袭来，蔡元培的意识开始转变了。

        对蔡元培来说，这一年是洗脑的一年，是浴火重生的一年。如同他自己所说：“少酖举业，长溺文词，经沽史法，亦窥藩篱，生三十年，始知不足”，“未尝不痛恨于前二十年之迷惑而闻道之晚”，决意“迷途回车，奚翅炳烛”，“他简直像获得了精神上的新生”。

        月，蔡元培自陆路乘马车回京销假。

        1897年的北京，喧嚣着改良的思潮，《时务报》、《新闻报》等连篇累牍的倡扬变法，粤学会、蜀学会、闽学会等在京的各省人士，纷纷发起成立维新团体。很快，公车上书的领军、维新运动的领袖康有为再次来京，多次上书要求变法；标志着这场维新运动，正在从思想酝酿转变为付诸行动。

        毫无疑问，蔡元培在思想上是属于维新派。只是，他已经过了特别容易头脑发热的青葱年岁。一个饱学经史又接触涉猎了大量近代科学知识的人，对任何事情都是不会盲从的，都要经过一个独立思考的过程，想一想是否真有道理，是否行得通。

        但是，如果仔细观察，还是能发现蔡元培有了特别大的变化。他的北京寓所书房中悬挂着十个大字：“都无做官意，惟有读书声。”

        一个刚刚入仕的翰林，已经把功名和利禄放到一边了，此时的蔡元培所热衷的事，是要在知识领域寻找新的天地，为民族的出路找到根本的解决之道。

        这段时间，他在仔细研习了《适可斋纪言》四卷，在心得中写道：“其人于西学极深，论铁道，论海军，论外交，皆提纲挈领。批卻导窾，异乎沾沾然芥拾陈言，毛举细故以自鸣者。”

        他还通览了驻英公使馆参赞宋育仁撰写的《采风记》五卷，认为“其宗旨，以西政善者都暗含中国古制，遂欲以古制补其未备，以附于一变主道之谊，真通人之论”

        与一些慷慨陈词高喊变革的人们不同，蔡元培是在探索改什么，如何去改。表达了他在为改良运动思想探源。

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