他对青年的三点希望仍然是：一、健强的体格；二、研究的精神；三、美术的陶冶。

        他说：“一方面在知识及技能上有科学的基础；一方面在感情上有美术的熏习，以这种健全的精神，宿在健全的身体，真是健全的青年了！”

        1936年1月，蔡元培度过了他的七十寿辰，但他在工作上并不稍懈。这一年，他除继续主持中央研究院的相关工作，并应邀到一些学校和文化团体演讲，还为他人的著述写下十余篇译文和文章。

        “九一八”事变前夕，日本军国主义势力屡在中国东北挑起事端。蔡元培公开发表了对日问题的看法，他曾建议向东北地区移民，充实东北三省。

        “九一八”事变爆发后，举国震惊。蔡元培马上放弃了在国民党内成立第三势力，调和宁粤矛盾，以图一致对外。

        从此，蔡元培在国民党内力主抗战，并力促蒋介石的国民党政权改变消极抗战政策。

        1932年1月28日夜11点，日本海军陆战队突然进攻上海闸北地区，遭到中国驻军的奋勇反击，爆发了惨烈的“淞沪保卫战”。

        日军对上海市区进行了不分区别的轰炸，多家极具影响的文化机关被毁，其中就有著名的商务印书馆。

        后来商务印书馆出的一本《茶花女遗事》，注有“国难后第一版”字样，版权页印有一则简短明了、痛入骨髓的启示文字：“民国二十一年一月十九日，敝公司突遭国难，总务处、印刷所、编译所、书栈房均被炸毁，附设之涵芬楼、东方图书馆、尚公小学亦遭殃及，尽付焚如，三十五载之经营，于一旦。”

        蔡元培代表中研院，联合国内各大学校长致电国联，愤怒抗议日军野蛮轰炸文化单位，同时，致电国际名人如爱因斯坦、杜威、巴特勒等著名学人，控诉日军罪行，争取国际舆论的同情。

        战役结束后，阵亡将士公墓上树起一方石碑，刻有蔡元培悲愤而书的铭文：

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