随即，几万顺军纷纷向李成栋及狄道城内明军投降，而借着各路顺军向李成栋及狄道城内明军投降形成的混乱，刘芳亮带着数十名亲卫悄然的向西逃去，只是逃了没多久，不少刘芳亮的亲卫就后悔了，于是，这些后悔的刘芳亮亲卫便开始了合谋，最终在逃离狄道周边三天后，合谋者暴起袭击了刘芳亮及还忠于刘芳亮的亲卫。
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在这次反叛中，刘芳亮和忠于他的亲卫统统被杀，随后反叛者割下刘芳亮的首级，带着刘芳亮的头盔、宝剑、侯爵大印、将旗等返回了狄道城，向稍后赶来的黄得功乞降。
由于没有在狄道军中发现李自成、袁宗第、高一功等顺军高层的尸体，黄得功便亲自审讯了这些背主的亲卫，但这些亲卫也不知道李自成、袁宗第等人那里去了，只是隐约知道李自成等人消失前，有一支小部队沿着洮河南下了。
不敢怠慢的黄得功便命令川军将领曾英率部南下追击，等前脚曾英离开了，后脚黄得功就得知了首阳关大捷的消息，并得到了李自成参与了首阳关之战的指挥、且消失在战败四逃的顺军中的报告。
黄得功便命令李成栋等人前往渭源与陇西之间搜寻李自成，自己则率着主力返回了兰州。
回到兰州后，黄得功一面命令马得功等人率军北上收复庄浪、凉州、镇番、山丹、甘州、肃州、西宁等河西各卫、所，一面又以相当兵力在临洮境内实施清剿，以确保没有躲藏起来的顺军残余。
可问题是，无论黄得功怎么清剿，始终找不到李自成的踪影。
而袁宗第、高一功部则翻越西倾山后，经由羊撒关、旧洮州寨（临潭）等地逃入了藏区，也暂时成了漏网之鱼，直到十年后，明廷的势力进一步渗透至西藏后，迫于明廷的压力，洮水上游的蕃部才将袁宗第等人交了出来，但这就是后话了······
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