一天清晨，柯南收到了一份邮件，柯南打开邮件后非常的吃惊，因为什么呢？因为在寄件人处的名字是：久美云海。

        邮件上写道：

        正在平常生活着的你，已经被我监视着，已经接收到了命令要将你排除掉，我虽然想手下留情，但是你已经背叛了我，我就不可能不让你去死了。

        久美云海留

        为什么久美云海还会用邮箱发给柯南信息？这到底是阴谋还是故意的警告？而此时在东京各大企业家接连受到杀害，被犯人一刀砍死，次次都是一刀毙命。

        经过调查，犯人是一位身材矮小的女性，并且被害人几乎都没有反抗，也没有逃走，这到底是谁干的？

        在一次柯南走夜路之际，一位穿着忍者蒙面的人突然出现，拔出手中的刀刺向柯南，柯南也同时从随身带的书包中取出博士的发明【雷切】，能伸缩的，与蒙面人开打了起来，但是柯南由于剑道不到家，被蒙面人打倒在地，而就在蒙面人举刀刺杀柯南之际，从暗中传来了一声枪响，蒙面人的刀被打掉在地，之后需便落荒而逃，那枪到底是谁开的？究竟是谁救了柯南？

        柯南继续调查之后，发现其中有一个惊天的阴谋，是云海和柯南身边的一位熟悉的人，两人打算将这个世界重新改变，到底那个熟悉的人究竟是谁？

        陆陆续续的，柯南身边的人接连受到袭击，究竟对方要干什么？

        最后，柯南和久美云海再度举枪面对面，究竟云海想干什么？

        在大厦的顶端，柯南与云海持枪互相指着对方，夜幕之下的最强对决，究竟是谁胜利谁失败呢？

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