一天夜里，日本基因研究所遭遇盗窃，装有秘密研究成果的安口瓶被盗，犯人将安口瓶的药物倒进了研究所旁的小河里。

        第二天凌晨，一只流浪狗来到此地，口渴的它正准备大喝，在它喝下后，眼神流出了凶恶感，在对着天空大叫了几声后，消失在了研究所旁的树林里。

        早晨，柯南一行人在阿笠博士的带领下，来到位于研究所旁的旁的树林间的空旷地进行露营，在众人捡柴火之际，流浪狗冲了出来，将步美扑到在地

        那条狗究竟是怎么回事？第二天，柯南再度寻找狗时，却发现一个非常大的脚印，并且在河边发现了安口瓶，这到底是什么动物留下的？还有，在河边发现的安口瓶究竟是什么？

        几天的调查都没有什么成果

        就在第七天的一早，米花町闯入了一位不速之客，一只长大8米，高达五米的巨大的狗闯入了城市，不停的将城市破坏殆尽，警察以及自卫队到来，就连都无法将其杀死或阻止行动，柯南究竟怎样才能阻止？

        在慌乱中的城市间，躲在角落里扬起嘴角微笑的究竟是谁？

        —最新的科幻动作的剧场版，让你们能看到最帅气的柯南—

        “这个世界，就由我来保护”

        “不行，工藤。你会死的，你要是死了，我活着还有什么意义。”

        “放心吧，灰志保，我一定会活着回来，我答应你。”

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