李选侍看后非常生气，几次派人传诏左光斗，左光斗却不听命，他说，我是朝庭命官，天子才有权利召见我，你有什么权利召见我。

        李选侍更怒，派人请朱由校来乾清宫商议对策。当时朱由校己经十六岁了，基本成年，他需要独立，不希望李选侍管着自己。更重要的是，李选侍曾欺凌过朱由校的生母王氏，至使王氏于万历四十七年含愤死去。因此他站在大臣一边，不肯去乾清宫，反而要求李选侍择日搬家。

        朱常洛在临死之前，担心朱由校驾驭不了局面，有抬高李选侍，让她抚养并辅助朱由校处理政务的嘱咐。但同时他又担心李选侍专权而没有给予她皇后的名份。这样就留下了大片的模糊地带。李选侍名不正言不顺，势单力薄，一旦臣下抗命，将很难应付，而她手中唯一的“王牌”朱由校又嫌她多余，不与她一世。她除了接受现实，别无选择。九月五日，李选侍被迫搬出乾清宫，住进了宫女养老所居住的鸾宫。九月六日，朱由校正式即位。

        东林党人在两代帝王即位过程中的突出表现，得到了天启的赏识，左光斗、刘一燝、周嘉谟等人受到重用，杨涟因在移宫案中表现过于抢眼，其动机和目的遭人质疑，被弹劾下台，但没过多久又重新启用。

        一批被万历处理过的东林党人如邹元标、赵南星、高攀龙、王之寀、乔允升、叶向高等也纷纷还朝，担任要职。顾宪成己于万历四十三年死去，不然也应重列朝堂。天启初年，东林党人布列满朝，分据内阁、吏部、都察院及六科、十三道各部门，一时势力大炽。

        东林党当权以后，对非东林党人进行了报复，以梃击、红丸、移宫三案（详细内容见后）为议题，排挤驱逐非东林党人。

        非东林党人也不是省油的灯，他们纷纷投靠天启的亲信太监魏忠贤，结成所谓阉党与东林党对抗，很快扭转了被动挨打的局面。东林党人又把矛头指向魏忠贤，魏忠贤得到天启的支持，形势急转直下，东林党最终被打入深渊。

        魏忠贤，河北肃宁县人，原名李进忠，本己娶妻生子，万历十七年（1589年），因欠赌资被人追债，不得己将老婆改嫁他人，自行阉割当了太监。魏忠贤目不识丁，但为人机灵，有谋略。他判断皇长孙朱由校迟早会即位，于是竭尽全力接想近这位未来的皇位继承人。

        朱由校的奶妈客氏，18岁入宫，第二年丈夫去世，成了寡妇，后来她耐不住寂寞和太监魏朝搞得火热。魏忠贤通过巴结魏朝，结识了客氏，并由她引荐当上了朱由校的母亲王才人的典膳，进入了朱由校的生活圈子。

        没想到魏忠贤这小子不厚道，不久就过河拆桥，当起了第三者，与魏朝争起了客氏。由于魏忠贤属于成人后才去势，娶过妻生过子，比起从小就阉割的一般太监更象个男人，凭着这个生理优势，魏忠贤赢得了客氏的欢心，战胜了魏朝。

        朱由校从小由客氏带大，因此对她感情极深，长大以后也离不开她。所以，当上皇帝后不到一个月就封客氏为“奉圣夫人”，在事实上取代了李选侍在后宫的位置。在客氏的帮助下，魏忠贤也从惜薪司太监的岗位上被提拔为司礼监秉笔太监。

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