山东巡抚李秉衡指示，“查被扰地方有房屋实被焚拆者，不分民教，一体谅予抚恤”。先是发给陈河滩等庄民教共121户恤银569两；后又发给薛孔楼等六庄恤银447两。

        但到当年11月，德国公使海靖又照会总理衙门，提出单县境内“教堂焚毁、教士物件遗失”，要求赔给京钱15000吊。李秉衡坚持认为这是德国公使的无理要求。

        他于12月23日致函总理衙门指出：（一）此案业经查办处理，已“将匪首刘士端、曹得礼，并匪众三十余人拿获正法”；（二）有关遭受损失的教民，也已发给恤银，“教民帖服，教士亦无异词”；（三）此案起因于教民刘荩臣抢割麦子，以致激成事端，应以教民刘荩臣为祸首，即令有洋学被毁，亦系互相寻仇。现在“办理已得其平，此案足可了结”。

        但德国公使态度强硬，照会总署称：“屡奉本国国家之命请赔。本国亦知邻省法国教案早已如愿办妥，今山东德国教案务须一律办结。”

        所称邻省法国教案，即指江苏砀山、丰县大刀会打教案，本系同一事件，但江苏方面早已与法国议结。

        在德国的一再逼迫下，李秉衡只好派济宁直隶州知州彭虞孙与德国主教安治泰进行谈判，最后在索赔数额上减去三分之一，给京钱一万吊，合库平银3585.6两，作为了结。

        刘士端、曹得礼等人被杀后，大刀会活动暂时沉寂了一段时间。

        后来刘清云组织3万多大刀会会员在金乡万福河一带集结，准备攻占曹、单等县。因缺乏粮食，又连逢大雨，最终没能如愿。

        大刀会向周边的巨野、菏泽、茌平、汶上、郓城、嘉祥、济宁、肥城、平原等县扩散，部分会员渡过黄河转移到德州、聊城一带，后来加入了朱红灯率领的义和团。

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