卜克斯案发生后，为切实保护外国人，袁世凯加大了对义和团等反教团体的打击。

        他说“义和团实系匪类，以仇教为名，而阴逞不轨”，认为其之所以在山东迅猛发展，主要是因为前任巡抚毓贤一味纵容所致，一改其一意主抚的政策，派兵勇前往各州县大力镇压义和团。

        一些山东籍京官连续奏劾袁世凯，说他一意主剿，致滋事端。清廷也担心袁世凯操切从事，会激成大祸，连下三道上谕，告诫他不可徒恃兵力，意气用事。

        十一月二十七日清廷电旨：“拳民聚众滋事，自无宽纵酿祸之理。惟目前办法，总以弹压解散为第一要义。如果寻击官军，始终抗拒，不得已而示以兵威，亦应详察案情，分别办理，不可一意剿击，致令铤而走险，激成大祸。著袁世凯相机设法，慎之又慎。……倘办理不善，以致腹地骚动，惟袁世凯是问。”

        袁世凯接到上谕，认为这是居心倾排者所为，于1900年1月13日上奏朝廷，为自己的剿办政策辩护。

        “该匪等虽托名仇教，而观其举动，实只在于纠众劫财。得财稍多，则蓄马购械；分赃不匀，或互斗交殴。乃犹立帜大书，侈口于洋人可灭，借以行其耸动号召之私，而不知其伎俩毫无”。

        “该匪等一经勇对抵御，即不能支，况能举强盛之洋人而灭之乎？”“就使能纠合百十万人鞭挞五洲，而该匪等势成燎原，不可向迩，国家又将何以制其后？”

        表示自己“不敢畏避嫌怨，扶徇欺蒙”，对义和团必须痛加剿办，并提出治本治标、双管齐下的办法，他派人编印了大量诗歌告示四处张贴，宣传自己的政策。

        如在《劝谕百姓各安本分勿立邪教会歌》中说：“本院抚此土，敬愿广皇仁。嫉恶如所仇，好善如所亲。但论曲与直，不分教与民。民教皆亦子，无不勤拊循。尔皆同乡里，还须免忿争。忿争何所利，仇怨苦相寻。传教载条约，保护有明文。彼此无偏倚，谕旨当敬遵。出示已多次，昏迷应早醒。如再堕昏迷，法网尔自撄。首领惧不保，家产将尽倾。父母老泪枯，兄弟哭失声。作孽自己受，全家共艰辛。扪心清夜思，梦魂惊不惊。从此早回头，还可出火坑。倘能获匪首，指拏解公庭。并可领赏犒，趁此立功勋。”

        他一面对义和团晓谕解散，一面派军对其进行血腥镇压，1900年初，他派山东督粮道尚其亨和济东泰武临道吉灿升、督同任永清、马金叙、吴长纯等5营清军到鲁西北各州县搜查，逮捕和屠杀义和团团民，拆毁拳厂，命令各村村长具结，永不习拳。

        接连不断地命令所属军队，要见“匪”必杀，对于那些“拳匪”成堆的大小村庄，可开炮轰击，不必缩手缩脚。如作战不力，无论官兵一律提头来见。又命各级地方官，捕获拳匪不必开堂审讯，可以当场处决。

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